# Στις 17 Μαΐου του 1964 μετά την τελευταία συνέλευση των σωματείων του νομού ιδρύεται η Αθλητική Ένωση Λάρισας από την συγχώνευση του Λαρισαϊκού,του Ηρακλή,του Άρη και του Τοξότη.Στις 22 Μαΐου του 1964 αποφασίζεται οριστικά ότι τα χρώματα της Α.Ε.Λ. θα είναι το βυσσινί και το άσπρο και όχι το άσπρο και το μαύρο όπως είχε αρχικά αποφασιστεί.
# Την αγωνιστική περίοδο 1964-65 η Α.Ε.Λ. αγωνίζεται στη Β’ Εθνική και τερματίζει στην 5η θέση 64 βαθμούς.Στο κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά για να αποκλειστεί στη συνέχεια από τον Α’γύρο.
# Την αγωνιστική περίοδο 1965-66 η Α.Ε.Λ. τερματίζει στη 3η θέση του πρωταθλήματος της Β’ Εθνικής ισοβαθμώντας με 69 βαθμούς με τον Πανελευσινιακό.Στο κύπελλο απογοητεύει καθώς αποκλείεται από τα τοπικά προκριματικά.
# Την αγωνιστική περίοδο 1966-67 τερματίζει στη 10η θέση του πρωταθλήματος της Β’ Εθνικής με 62 βαθμους.Στο κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά και αποκλείεται στον επόμενο γύρο.
# Την αγωνιστική περίοδο 1967-68 τερματίζει στη 14η θέση με 55 βαθμούς.Στο κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά και αποκλείεται στον επόμενο γύρο.
# Την αγωνιστική περίοδο 1968-69 τερματίζει στη 17η θέση με 60 βαθμούς.Με αναδιάρθρωση της Β’ Εθνικής και αύξηση των δύο ομίλων σε τρεις,η λαρισινή ομάδα διατηρείται στην κατηγορία. Στο κύπελλο αποκλείεται ήδη από τα τοπικά προκριματικά.
# Την περίοδο 1969-70 τερματίζει στη 13η θέση με 63 βαθμούς.Στο κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά για να αποκλειστεί όμως στον επόμενο γύρο.
# Την περίοδο 1970-71 τερματίζει σαφώς ενισχυμένη στην 4η θέση με 79 βαθμούς. Στο κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά για να αποκλειστεί στον επόμενο γύρο.
# Την περίοδο 1971-72 τερματίζει στη 2η θέση με 96 βαθμούς χάνοντας την άνοδο την τελευταία στιγμή. Στο κύπελλο αποκλείεται από τον Α’γύρο. Από την περίοδο αυτή συμμετέχουν στο κύπελλο μόνο οι επαγγελματικές ομάδες Α’ Β’ και Γ’ εθνικής.
# Την περίοδο 1972-73 τερματίζει στην 1η θέση με 98 βαθμούς(μία θέση που κατείχε από την 6η αγωνιστική ως το τέλος) και κερδίζει για πρώτη φορά στην ιστορία της την άνοδο στην Α’ εθνική κατηγορία. Στο κύπελλο αποκλείεται ξανά από τον πρώτο γύρο.
# Την περίοδο 1973-74, στην παρθενική της συμμετοχή στο πρωτάθλημα της Α’ εθνικής, τερματίζει στην 9η θέση με 32 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται τελικά στον γ’ γύρο.
# Την περίοδο 1974-75 τερματίζει 18η (τελευταία) με 17 βαθμούς και υποβιβάζεται ξανά στην Β’ εθνική. Στο κύπελλο αποκλείεται στον α’ γύρο.
# Την περίοδο 1975-76, ξανά στο πρωτάθλημα της Β’ εθνικής, τερματίζει 5η με 42 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται στον γ’ γύρο.
# Την περίοδο 1976-77 τερματίζει 3η με 46 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται από τον α’ γύρο.
# Την περίοδο 1977-78 τερματίζει 1η με 59 βαθμούς μετά την τελευταία ιστορική νίκη επί του Μακεδονικού στη Νέα Ευκαρπία με 1-4, μπροστά σε χιλιάδες Λαρισαίους εκδρομείς. Η ‘Λάρισα, επιστρέφει θριαμβευτικά στη ‘μεγάλη, κατηγορία για να ‘μείνει, αυτή τη φορά…Στο κύπελλο αποκλείεται στο γ’ γύρο.
# Την περίοδο 1978-79 με την επιστροφή της στην Α’ εθνική, τερματίζει 12η με 29 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται από τον πρώτο γύρο.
# Την περίοδο 1979-80 τερματίζει στην 8η θέση με 34 βαθμούς. Στο κύπελλο, για πρώτη φορά φτάνει μέχρι τα προημιτελικά του θεσμού όπου αποκλείεται από την Καστοριά.
# Την περίοδο 1980-81 τερματίζει στην 6η θέση με 37 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται από τον α’ γύρο.
# Την περίοδο 1981-82 τερματίζει στην 10η θέση με 31 βαθμούς. Στο κύπελλο, για πρώτη φορά στην ιστορία της φτάνει μέχρι τον τελικό του θεσμού. Στις 19/6/1982 στο γήπεδο της Νέας Φιλαδέλφειας αντιμετωπίζει τον Παναθηναϊκό με τη συμπαράσταση 5000 οπαδών της και τελικά χάνει με 1-0, στέλνοντας όμως το μήνυμα για όλα αυτά που έμελλε να ακολουθήσουν.
# Την περίοδο 1982-83 καθιερώνεται η μεγάλη Α.Ε.Λ. σε ολόκληρη τη φίλαθλη Ελλάδα. Τερματίζει 2η με 45 βαθμούς και εξασφαλίζει για πρώτη φορά στην ιστορία της την έξοδό της στην Ευρώπη με τη συμμετοχή της στο κύπελλο UEFA. Στο κύπελλο όμως αποκλείεται άδοξα από τον α’ γύρο.
# Την περίοδο 1983-84 τερματίζει στην 6η θέση με 32 βαθμούς. Στην πρώτη της συμμετοχή στο κύπελλο UEFA, αποκλείεται από την ουγγρική Χόνβεντ ( 2-0 στο Αλκαζάρ με γκολ των Μαλουμίδη και Κμίετσικ, ήττα με 3-0 στην Ουγγαρία στην παράταση του αγώνα). Στο θεσμό του κυπέλλου φτάνει για δεύτερη φορά στην ιστορία της μέχρι τον τελικό όπου βρίσκει ξανά αντιμέτωπο τον Παναθηναϊκό στις 6/6/1984 στο ΟΑΚΑ. Χάνει καθαρά με 2-0 μετά από μέτρια εμφάνιση, εξασφαλίζει όμως ξανά την έξοδό της στην Ευρώπη με τη συμμετοχή της στο κύπελλο κυπελλούχων.
# Την περίοδο 1984-85 τερματίζει στην 6η θέση με 35 βαθμούς. Η πορεία της όμως στο κύπελλο κυπελλούχων κάνει όλο το φίλαθλο κόσμο να παραμιλά. Στον α’ γύρο αφήνει εκτός θεσμού την ουγγρική Σιόφοκ(1-1 στην Ουγγαρία με γκολ του Ανταμτσικ, 2-0 στο Αλκαζάρ με γκολ των Κμίετσικ και Βαλαώρα). Δεύτερο θύμα της Α.Ε.Λ. Η φημισμένη ελβετική Σερβέτ(2-1 στο Αλκαζάρ με γκολ των Άνταμτσικ και Κμίετσικ, 0-1 στην Ελβετία, μια ιστορική νίκη με γκολ του Βαλαώρα). Στα προημιτελικά του θεσμού η Α.Ε.Λ. αποκλείεται άδοξα και άτυχα από τη Δυναμό Μόσχας(0-0 στο Αλκαζάρ και ήττα με 1-0 στο στάδιο της Τιφλίδας όπου έγινε η ρεβάνς λόγω κακών καιρικών συνθηκών που επικρατούσαν στη Μόσχα). Αυτό όμως που σημαδεύει τη συγκεκριμένη περίοδο είναι η κατάκτηση του πρώτου τίτλου της μεγάλης Α.Ε.Λ. της δεκαετίας του ’80. Στις 22/6/1985 στο ΟΑΚΑ η Λάρισα, διαλύει τον πρωταθλητή εκείνης της χρονιάς ΠΑΟΚ με 4-1( 39’, 73’ Ζιώγας, 47’ Κμίετσικ, 75’ Βαλαώρας) στον τελικό του κυπέλλου και στέφεται κυπελλούχος Ελλάδας. Η θεσσαλική πρωτεύουσα φλέγεται από τους πανηγυρισμούς: είναι η πρώτη μεγάλη δικαίωση της βασίλισσας του κάμπου.
# Την περίοδο 1985-86 τερματίζει στην 8η θέση με 30 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται από τον πρώτο γύρο. Στην Τρίτη έξοδό της στην Ευρώπη, για δεύτερη φορά στο κύπελλο κυπελλούχων αντιμετωπίζει την ιταλική Σαμπτόρια, ένα από τα ευρωπαϊκά μεγαθήρια εκείνης της εποχής και αποχωρεί με αξιοπρέπεια πραγματοποιώντας δύο πολύ μεγάλες εμφανίσεις(1-1 στο Αλκαζάρ με γκολ του Μητσιμπόνα, ήττα με 1-0 στην Ιταλία).
# Την περίοδο 1986-87 τερματίζει στην 9η θέση με 25 βαθμούς.Στο κύπελλο φτάνει μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται από τον πολύ δυνατό τότε Ηρακλή.
# Η περίοδος 1987-88 έχει σημαδέψει για πάντα την ιστορία της Α.Ε.Λ. με το μεγαλύτερο επίτευγμά της:η ομάδα πραγματοποιώντας μια ξέφρενη κούρσα που την κράτησε πρώτη από την αρχή του πρωταθλήματος μέχρι την τελευταία αγωνιστική κατακτά τον τίτλο της πρωταθλήτριας Ελλάδας,γράφοντας ιστορία στο ελληνικό ποδόσφαιρο όντας η πρώτη και μοναδική επαρχιακή ομάδα που το κατάφερε.
Την Πρωτομαγιά του 88 η Α.Ε.Λ. εξασφαλίζει μαθηματικά τον τίτλο κερδίζοντας τον Ηρακλή με 1-0 στο Αλκαζάρ με το ασύλληπτο ιστορικό γκολ του αρχηγού της Γιώργου Μητσιμπόνα.Το πέρας και της τελευταίας αγωνιστικής με το 0-0 της Α.Ε.Λ. στην Τούμπα με τον Π.Α.Ο.Κ. τη βρίσκει τελικά πρώτη με τη συνολική συγκομιδή των 43 βαθμών.
Εκείνη η ιστορική Πρωτομαγιά του 88 που έβαψε ολόκληρη τη θεσσαλική πρωτεύουσα βυσσινί με τους πανηγυρισμούς του υπέροχου κόσμου της και άλλαξε ολόκληρη την ιστορία του ελλήνικού ποδοσφαίρου άφηνε πίσω της και μια απίστευτη παρασκηνιακή ιστορία προσπάθειας κλοπής του τίτλου από την κορυφαία τότε ελληνική ομάδα.Στις 16-3-88 ανακοινώθηκε από τον αθλητικό δικαστή η απόφαση να αφαιρεθούν από την Α.Ε.Λ. 4 βαθμοί χαρακτηρίζοντάς την συνυπεύθυνη για το “ντοπάρισμα” του Τσίγκωφ (είχε βρεθεί θετικό το δείγμα των ούρων του ως προς την ουσία κοδεϊνη στον έλεγχο που έγινε μετά τον αγώνα με τον Παναθηναϊκό στις 27-12-87).
Η υποκριτική σκανδαλώδης απόφαση που αφορούσε έναν ποδοσφαιριστή με ελάχιστη συμμετοχή και προσφορά στους αγώνες της πρωταθλήτριας, ξεσήκωσε τη μεγάλη μάζα του κόσμου της που υπερασπίστηκε την ομάδα τη στιγμή που το χρειάστηκε. Οι κινητοποιήσεις του κόσμου αποκλείουν την εθνική οδό Αθήνας –Θεσσαλονίκης και τη σιδηροδρομική γραμμή. Η Ελλάδα κόβεται στα δύο και όλοι οι υγιείς έλληνες φίλαθλοι συμπαραστέκονται στον αγώνα της Α.Ε.Λ. και του κόσμου της κόντρα στο ποδοσφαιρικό κατεστημένο. Τελικά κάτω από τη μεγάλη πίεση αλλάζει το επίμαχο άρθρο 32 του ΚΑΠ στις 21/3/1988 και οι ομάδες που ποδοσφαιριστές τους βρέθηκαν ντοπαρισμένοι τιμωρούνται πια μόνο με χρηματικό πρόστιμο. Αποδίδεται δικαιοσύνη και η Α.Ε.Λ. με τους αγώνες της μέσα στα γήπεδα κατακτά τον τίτλο. Κλείνοντας την αναφορά στη χρυσή χρονιά της μεγάλης Α.Ε.Λ. της δεκαετίας του ’80 , στο θεσμό του κυπέλλου η πρωταθλήτρια φτάνει μέχρι τα ημιτελικά όπου αποκλείεται από τον Παναθηναϊκό.
# Την περίοδο 1988-89 τερματίζει στην 6η θέση με 34 βαθμούς. Στο κύπελλο φτάνει μέχρι τα ημιτελικά όπου αποκλείεται από τον Πανιώνιο. Στον αγώνα για το Κύπελλο Φιλίας και Αλληλεγγύης(SUPER CUP) που γίνεται στις 24/8/1988 ανάμεσα στον πρωταθλητή και τον κυπελλούχο της προηγούμενης περιόδου, η Α.ΕΛ. χάνει από τον Παναθηναϊκό με 3-1 στο ΟΑΚΑ. Στη συμμετοχή της στο Κύπελλο Πρωταθλητριών αντιμετωπίζει άλλη μία φημισμένη ελβετική ομάδα, την Ξαμάξ, χωρίς να καταφέρει να επαναλάβει το έπος της Σερβέτ. Κερδίζει στο Αλκαζάρ με 2-1( με γκολ των Ζιώγα, Μητσιμπόνα), όμως χάνει με το ίδιο σκορ στην Ελβετία παρά την εκπληκτική της εμφάνιση και αποκλείεται τελικά άδοξα στα πέναλτυ με 3-0( το γκολ της Α.Ε.Λ. στην κανονική διάρκεια του αγώνα πέτυχε ο Βασίλης Καραπιάλης).
# Την περίοδο 1989-90 τερματίζει στην 8η θέση με 34 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου φτάνει μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται από τον Απόλλωνα Αθηνών. Την περίοδο αυτή έγινε μια αποτυχημένη απόπειρα να εισαχθεί στην Ελλάδα ο αγγλικός θεσμός του League Cup. Η Α.Ε.Λ. αποκλείστηκε στον α΄γύρο από τον Άρη.
# Την περίοδο 1990-91 τερματίζει στη 12η θέση με 29 βαθμούς. Για πρώτη φορά μετά από πολλά χρόνια κινδυνεύει με υποβιβασμό και τον αποφεύγει μετά από εκπληκτική πορεία στο δεύτερο γύρο. Στο θεσμό του κυπέλλου φτάνει μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται από τον ΠΑΟΚ.
# Την περίοδο 1991-92 τερματίζει στην 8η θέση με 31 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται μόλις από την φάση των ομίλων. Η περίοδος της παρακμής έχει αρχίσει.
# Την περίοδο 1992-93 τερματίζει στην 7η θέση με 43 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου, κάνοντας μια αρκετά καλή πορεία, φτάνει μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται άδικα και άδοξα από την ΑΕΚ.
# Την περίοδο 1993-94 τερματίζει στην 10η θέση με 42 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου φτάνει ξανά ως τα προημιτελικά όπου αποκλείεται πάλι από την ΑΕΚ.
# Την περίοδο 1994-95 τερματίζει στην 11η θέση με 40 βαθμούς. Η συνεχιζόμενη παρακμή προκαλεί ανησυχία στον κόσμο που αρχίζει να εγκαταλείπει την ομάδα ενώ αρχίζουν να διαφαίνονται και τα χειρότερα που θα επακολουθήσουν. Παρ’ όλα αυτά στο θεσμό του κυπέλλου πραγματοποιεί εξαιρετική πορεία φτάνοντας μέχρι τα προημιτελικά, τελικά όμως αποκλείεται από τον Εδεσσαϊκό.
# Η περίοδος 1995-96 είναι μία από τις χειρότερες στην ιστορία της Α.Ε.Λ. Η ομάδα συγκεντρώνει μόλις 34 βαθμούς και τερματίζει στην 16η θέση που την οδηγεί πίσω στην Β΄ Εθνική κατηγορία. Οι νίκες « βοήθειας» 3-2 επί του Ολυμπιακού στο Αλκαζάρ και 2-3 επί του ΠΑΟΚ στην Τούμπα που δεν απέτρεψαν το μοιραίο, πίκραναν ακόμη περισσότερο τον κόσμο της που βυθίστηκε στο πένθος. Την κατολίσθηση της ομάδας και όσα επακολούθησαν μετά την πτώση της χρεώνεται σε συντριπτικό ποσοστό το παρακμιακό ιδιοκτησιακό καθεστώς της διοίκησης Παπανικολάου. Συμπληρωματικά, στο θεσμό του κυπέλλου η ομάδα αποκλείεται στον β΄γύρο.
# Την περίοδο 1996-97, στο πρωτάθλημα Β΄εθνικής πια, τερματίζει στην 6η θέση με 55 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται από τα προκριματικά.
# Την περίοδο 1997-98 τερματίζει στην 9η θέση του πρωταθλήματος Β΄ εθνικής με 46 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται από τον α΄γύρο.
# Την περίοδο 1998-99 τερματίζει στην 8η θέση του πρωταθλήματος Β` Εθνικής με 46 Βαθμούς .Στο θεσμό του κυπέλλου προχωρά μέχρι τους 16.Μια πρωτοφανής οικονομική εκκρεμότητα του ιδιοκτήτη της εταιρίας κηλιδώνει την ιστορία της ομάδας στερώντας της το δικαίωμα να αγωνιστεί εκτός έδρας με αντίπαλο τον Παναιτωλικό.
# Πριν την έναρξη της αγωνιστικής περιόδου 1999-00 η ομάδα αλλάζει χέρια περνώντας από τον Παπανικολάου στον Μπατατούδη.Το οικοδόμημα της νέας Α.Ε.Λ. ξεκινά με μεγάλες υποσχέσεις ,σεβαστό οικονομικό άνοιγμα του νέου ιδιοκτήτη αλλά και τεράστιες επιφυλάξεις .Στα μισά της περιόδου κι ενώ η Α.Ε.Λ. απέχει μόλις ένα βαθμό από την κορυφή διαδραματίζεται το σήριαλ της επιστροφής του Καραπιάλη στην Α.Ε.Λ. και καταλήγει σε φιάσκο.Από το Φεβρουάριο και μετά η ομάδα χάνει αδικαιολόγητα έδαφος και εμφανίζονται τα πρώτα δείγματα οικονομικής ασυνέπειας του νέου ιδιοκτήτη ,τα οποία σταδιακά διογκώνονται και οδηγούν σε μαζικές προσφυγές . Η ομάδα τερματίζει τελικά 6η με 55 βαθμούς ενώ στο θεσμό του κυπέλλου είχε αποκλειστεί από τα προκριματικά.
# Η περίοδος 2000-01 ξεκινάει με τους χειρότερους οιωνούς .Η ομάδα καλύπτει τις ελλείψεις με λύσεις ανάγκης λόγω χαμηλού προυπολογισμού .Ο μεγαλομέτοχος φάντασμα εγκαταλείπει την ομάδα στην τύχη της ,αυτή μένει και διοικητικά ακέφαλη μετα από μαζικές παραιτήσεις και σε συνάρτηση με το πολύ άσχημο αγωνιστικό ξεκίνημα αρχίζει να αντιμετωπίζει το φάσμα ενός νέου υποβιβασμού.Ένα νέο σήριαλ αγοραπωλησίας που κρατά πάνω από 2 μήνες αναθερμαίνει τις ελπίδες για ανάκαμψη όμως τελικά καταλήγει σε φιάσκο .Η πιο μαύρη σελίδα της άλλοτε κραταιάς Α.Ε.Λ. ξετύλιγεται βασανιστικά και ρίχνει την ομάδα για πρώτη φορά στην ιστορία της στην Γ` εθνική κατηγορία καθώς η ομάδα τερματίζει τελικά στην 15η θέση με 30 βαθμούς ενώ στο θεσμό του κυπέλλου είχε αποκλειστεί από τα προκριματικά.
# Την περίοδο 2001-02 η ΑΕΛ συμμετέχει για πρώτη φορά στην ιστορία της στη Γ’ Εθνική. Τα οικονομικά προβλήματα δεν επιτρέπουν στην ομάδα να έχει φορολογική ενημερότητα στους αγώνες κυπέλλου στην αρχή της περιόδου, με αποτέλεσμα να μην μπορούν να αγωνιστούν οι νεομεταγραφέντες παίχτες και κάποιοι από αυτούς να φύγουν. Η άνοδος 5 ομάδων από τη Γ’ στη Β’ εκείνη τη χρονιά δημιουργεί αρχικά προσδοκίες για άμεση επάνοδο οι οποίες διαψεύδονται στην πορεία. Η ομάδα τερματίζει τελικά 7η και απογοητεύει. Στο κύπελλο η ΑΕΛ αποκλείεται από τον προκριματικό γύρο.
# Την περίοδο 2002-03 η ΑΕΛ φτάνει στο χειρότερο σημείο της ιστορίας της. Αγωνιζόμενη ξανά στη Γ’ Εθνική, ουσιαστικά ακέφαλη και χωρίς χρήματα, η ερασιτεχνική, που ασκεί τη διοίκηση της ΠΑΕ, καλεί όσους παίχτες επιθυμούν να αγωνιστούν με τα βυσσινί χρώματα να έλθουν στην ομάδα. Η προετοιμασία γίνεται στο άλσος του Αλκαζάρ. Η ομάδα ξεκινά με –3 βαθμούς, αφού τιμωρείται και χάνει τον αγώνα της 1ης αγωνιστικής κόντρα στους Λύκους στα χαρτιά. Η πορεία της, όπως είναι φυσικό είναι κάκιστη και κινδυνεύει με υποβιβασμό. Στα μέσα της σεζόν ο Σωτηρούλης αναλαμβάνει το οικονομικό βάρος της ομάδας παράλληλα με τη χορηγία. Η ομάδα μπαίνει σε καθεστώς ειδικής εκκαθάρισης και καταφέρνει να σωθεί την τελευταία αγωνιστική από την πτώση στο Περιφερειακό Πρωτάθλημα. Στο κύπελλο αποκλείεται από τον α’ γύρο από την Ξάνθη.
# Η περίοδος 2003-04 αποτελεί τη έναρξη της αναγέννησης της ομάδας. Το μεγαλύτερο μέρος των χρεών είναι παρελθόν, ομάδα βγαίνει καθαρή και κάνει μεταγραφές έμπειρων ποδοσφαιριστών έχοντας στόχους πρωταθλητισμού. Η πορεία το επιβεβαιώνει. Πλασαρισμένη πάντα στις προνομιούχες θέσεις κατορθώνει, μετά από έναν εξοντωτικό μαραθώνιο 38 αγωνιστικών, να τερματίσει 2η και να κερδίσει απευθείας την άνοδο στην Β’ Εθνική, έχοντας στο πλευρό της έναν υπέροχο φίλαθλο κόσμο που την ακολουθεί παντού.. Στο κύπελλο θα αποκλειστεί ξανά στον α’ γύρο από τον ΠΑΟΚ.
# Την περίοδο 2004 – 2005 έρχεται η αλλαγή ιδιοκτησιακού καθεστώτος με την αγορά της ΠΑΕ από τον Κώστα Πηλαδάκη. Μετά από μέτρια πορεία στον Α’ γύρο, η ΑΕΛ τερματίζει τελικά πρώτη, σφραγίζοντας την άνοδο με την ισοπαλία 1-1 στην Καστοριά μπροστά σε 3.000 οπαδούς της. Στο θεσμό του κυπέλλου φτάνει μέχρι τους «8», αλλά τελικά αποκλείεται από την Ξάνθη.
# Την περίοδο 2005 – 2006, η πρώτη στην κατηγορία των μεγάλων μετά από απουσία 9 ετών, η ΑΕΛ με μια ικανοποιητική παρουσία τερματίζει στην 8η θέση με 39 βαθμούς και εξασφαλίζει τη συμμετοχή της στο Ιντερτότο. Στο θεσμό του κυπέλλου φτάνει μέχρι τους «4», όμως αποκλείεται από τον Ολυμπιακό.
# Την περίοδο 2006-2007 η ΑΕΛ κατακτά τον τρίτο τίτλο της. Στις 5 Μαΐου 2007, στο Πανθεσσαλικό, μπροστά σε 10.000 οπαδούς της η ΑΕΛ κερδίζει 2-1 τον ΠΑΟ με γκολ των Κόζλεϊ, Αντσουέ και φέρνει το Κύπελλο ξανά στον Πηνειό. Στο πρωτάθλημα μετά από μια πολύ μέτρια πορεία με πολλά προβλήματα οι βυσσινί εξασφαλίζουν την παραμονή τους στην Καλαμαριά. Η ΑΕΛ τελικά τερματίζει στη 10η θέση με 36 βαθμούς.
# Την περίοδο 2007 – 2008 η ΑΕΛ με την παρουσία της στο Κύπελλο UEFA βγάζει νοκ – άουτ στα προκριματικά την Blackburn Rovers και συμμετέχει στους ομίλους, κάνοντας εξαιρετικές εμφανίσεις. Στο πρωτάθλημα μετά από εντυπωσιακή πορεία στο Β’ γύρο, τερματίζει τελικά στην 6η θέση με 45 βαθμούς χάνοντας την είσοδό της στα play – off για ένα γκολ διαφορά με τον Πανιώνιο. Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται στα προημιτελικά από τον Θρασύβουλο με δύο ήττες. Κλείνει η 4ετής παρουσία του Δώνη στον πάγκο της ΑΕΛ.
# Την περίοδο 2008 – 2009, με το Μαρίνο Ουζουνίδη νέο προπονητή στον πάγκο της, η ΑΕΛ τερματίζει στην 5η θέση με 49 βαθμούς και συμμετέχει στα play – off, έχοντας ήδη εξασφαλίσει την έξοδό της στο Europa Leaugue (όπως μετονομάστηκε το Κύπελλο UEFA). Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται στη φάση των «16» από τον Πανσερραϊκό.
# Η περίοδος 2009-2010 στιγματίζεται απο το θάνατο του ποδοσφαιριστή Antonio De Nigris στις 16/11/2009.η ΑΕΛ τερματίζει στην 8η θέση της Superleague με 37 βαθμούς,στο Europa League αποκλείστηκε στα προκριματικά από την kr reykjavik, ενώ στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείστηκε στη φάση των «32».
# Η περίοδος 2010-2011 βρήκε την ομάδα στην 15η θέση με 25 βαθμούς ενώ στο κύπελλο αποκλείστηκε στη φάση των «16». Το ταξίδι της ΑΕΛ στην superleague έλαβε τέλος μετά από 7 χρόνια. Μια ΑΕΛ που αν και δεν επέδειξε κάτι άξιο στους αγωνιστικούς χώρους, πολεμήθηκε από την πάραγκα όσο ποτέ άλλοτε (πράγμα που επιβεβαιώθηκε στις αποκαλύψεις περί στημένων αγώνων).Στις 05/12/2010 η ΑΕΛ αγωνίζεται για πρώτη φορά στο καινούργιο της γήπεδο AEL FC Arena ενώ στο τέλος της σεζόν ο πηλαδάκης αποδοκιμάζεται έντονα.
# Την περίοδο 2011-2012 η Α.Ε.Λ. ξεκινά με φιλοδοξίες στη Β' εθνική και προπονητή τον Κρίς Κόλεμαν.Πολύ καλή η πορεία της στον Α' γύρο όμως από το Δεκέμβρη και μετά αρχίζει η οικονομική ασυνέπεια της διοίκησης πηλαδάκη και η ομάδα τερματίζει στην 10η θέση με 43 βαθμούς.Στα αξιοσημείωτα η αλλαγή 4 προπονητών όλη τη χρονιά.Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται στη φάση των «32».
# Την περίοδο 2012-2013 συνεχίζεται η ίδια ''άρρωστη" κατάσταση με την προηγούμενη χρονιά.η Α.Ε.Λ. ξεκινά με το Μιχάλη Ζιώγα στον πάγκο της και τελειώνει με τον Τίμο Καβακά,καταλαμβάνει την 9η θέση με 63 βαθμούς όμως στη συνέχεια της αφαιρούνται αρκετοί από αυτούς λόγω προσφυγών απο ποδοσφαιριστές παλιότερων χρόνων.Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται στη φάση των «32».
Απαίτηση όλων να φύγει ο πηλαδάκης από την Ομάδα αφού είναι ο κύριος υπαίτιος της όλης κατάστασης,κάτι το οποίο ουσιαστικά συμβαίνει αφού η Ομάδα δεν δήλωσε συμμετοχή στη Β' εθνική της νέας σεζόν και αφού πιο πρίν ο Περήφανος Λαός της Α.Ε.Λ. στάθηκε απέναντι στα σχέδια συγχώνευσης με άλλη ομάδα Α' ή Β' εθνικής για την αλλαγή του ΑΦΜ.
# Την περίοδο 2013-2014 η Α.Ε.Λ επιστρέφει στο Αλκαζάρ και συμμετέχει στο 2ο όμιλο της Γ' εθνικής τερματίζοντας στην 1η θέση με 73 βαθμούς κερδίζωντας την άνοδο στη Β' εθνική.Επίσης, κατακτά το Κύπελλο, στο νεοσύστατο θεσμό στον οποίο συμμετέχουν οι 96 ομάδες της Γ' εθνικής, και το Σούπερ καπ ερασιτεχνών ποδοσφαίρου Ελλάδος.
Στις 27 μαίου του 2014 η γενική συνέλευση της ερασιτεχνικής εκλέγει τον Βαγγέλη Πλεξίδα, ο οποίος μέχρι τότε είχε την ιδιότητα του χορηγού, για πρόεδρο της Ομάδας.
# Την περίοδο 2014-2015 η Α.Ε.Λ. συμμετέχει στο βόρειο όμιλο της Β' εθνικής τερματίζοντας στην 3η θέση του ομίλου της με 45 βαθμούς και στη συνέχεια λαμβάνει μέρος στα play off , διεκδικώντας μια εκ των δυο προνομιούχων θέσεων για την άνοδο στην super league.Τελικά καταλαμβάνει την 4η θέση με 13 βαθμούς.Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται από την 1η φάση.
Ο Πλεξίδας όλο το χρόνο δείχνει ανίκανος να ανταπεξέλθει στο όνομα και στο βάρος της Α.Ε.Λ., αλλάζοντας συνολικά 7 προπονητές και δημιουργώντας καταστάσεις που ταράσουν την ηρεμία της Ομάδας και του Κόσμου της.Στο τέλος της χρονιάς δηλώνει οτι πουλάει και η Ομάδα τελικά καταλήγει στα χέρια, του μόνου ενδιαφερομένου Αλέξη Κούγια, παρά τις αντιδράσεις φιλάθλων και κυρίως των οργανωμένων.
# Την περίοδο 2015-2016 η Α.Ε.Λ. αγωνίζεται στη Β' εθνική με έδρα και πάλι το AEL FC Arena και προπονητή το Ράτκο Ντόστανιτσ, ενώ στο δεύτερο γύρο επέστρεψε στην οικογένεια της Ομάδας μετά από 28 χρόνια ο Σάκης Τσιώλης. Η Α.Ε.Λ. τερματίζει στην 1η θέση της βαθμολογίας με 78 βαθμούς και κερδίζει την άνοδο στην superleague. Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται στη φάση των "16".
# Την περίοδο 2016-2017 η Α.Ε.Λ. επανέρχεται στη superleague μετα από 5 χρόνια, με προπονητή τον Άγγελο Αναστασιάδη ο οποίος παρέμεινε στον πάγκο για επτά αγωνιστικές και στη συνέχεια τον διαδέχτηκε ο Σάκης Τσιώλης που παραιτήθηκε πέντε αγωνιστικές πριν το τέλος του πρωταθλήματος. Η Ομάδα μαθηματικά σώθηκε μια αγωνιστική πριν το φινάλε όπου κερδισε την ομάδα της Ξάνθης με 1-0 στο AEL FC Arena με την πλειοψηφία του Κόσμου της αλά και του Συνδέσμου μας να επιστρέφει στο γήπεδο μετά από αρκετούς μήνες "αποχής". Η Α.Ε.Λ τερματίζει στην 14η θέση της βαθμολογίας με 28 βαθμούς και τον Ολλανδό προπονητή Αντρέ Πάους στον πάγκο της. Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται στη φάση των "32".